相続人の調査を行ったところ、行方不明者がいることは珍しくありません。仮に行方不明者を抜きにして遺産分割協議書を作成しても、相続人全員の署名捺印がなされていないと無効となってしまいます。したがって、まずは行方不明の相続人を探す必要があります。例えば、行方不明の相続人の戸籍の附票等を取寄せることによって現在の住所地が判明することがあります。

あらゆる手段をつくしても見つからない場合には、不在者財産管理人の選任と失踪宣告という二つの方法によって問題解決をはかります。前者は行方不明者が所有する財産について、行方不明者に代わって財産を管理する管理人を家庭裁判所が選任する制度で、後者は行方不明者の利害関係人（不在者の配偶者，相続人にあたる者，財産管理人，受遺者など失踪宣告を求めるについての法律上の利害関係を有する者）が家庭裁判所に失踪宣告の申立てをする制度です。前者は行方不明者が生存していることを前提としているのに対し、後者は行方不明者が法律上、死亡したものとして扱いますので、内容が大きく異なります。

失踪宣告が利用できるのは、次のような場合です。
不在者（従来の住所又は居所を去り，容易に戻る見込みのない者）につき、その生死が７年間明らかでないとき（普通失踪）、又は戦争、舶の沈没、震災などの死亡の原因となる危難に遭遇しその危難が去った後その生死が１年間明らかでないとき（危難失踪）は、家庭裁判所は申立てにより、失踪宣告をすることができます。
失踪宣告の審判が出されると、申立人は、審判が確定してから10日以内に市区町村役場に失踪の届出をしなければなりません。届出は不在者の本籍地又は申立人の住所地の役場にしなければなりません。

これによって、失踪者は実際の生死の有無とは関係なく、法律上死亡したものとみなされます。死亡の時期は、普通失踪の場合は行方不明となってから７年間が経過した時、危難失踪の場合はその危難が去った時に死亡したものとみなされます。この時期によって、失踪者が被相続人の相続開始前に死亡したとみなされる場合には、失踪者に子供がいるときには、失踪者の子供が代襲相続人となります。したがって、この子供を交えて遺産分割協議を行うことになります。失踪者に子供がいない場合には、代襲相続人が存在しませんので、他の相続人全員で遺産分割協議を行うことになります。

また、失踪者が被相続人の相続開始後に死亡したとみなされる場合には、失踪者が被相続人の遺産を相続した後に死亡したとみなされます。したがって、失踪者に相続人がいるときは、その相続人と共に被相続人の遺産分割協議を行うことになります。失踪者に相続人がいない場合には、家庭裁判所に対して相続財産管理人の選任を申立て、選任された後に相続財産管理人と他の相続人全員で遺産分割協議を行います。

不在者財産管理制度を利用する場合には、裁判所から選任された不在者財産管理人に遺産分割協議への参加を求めることになります。しかし、不在者財産管理人は不在者の財産の保存行為や財産の性質を変えない範囲での維持改良に関する権限をもつのみで、遺産分割協議に参加する権限はありません。したがって、家庭裁判所に対し、「不在者財産管理人の権限外行為許可」の手続きをする必要があります。こうすることによって、不在者財産管理人は他の相続人とともに遺産分割協議に参加することができます。

上記の手続きは、相続人が行うことができますが、司法書士等の専門家に依頼した方がベターと思われます。